Câu chuyện được hé lộ trong cuốn sách "Phúc cho ai không thấy mà tin". Căn phòng có bức họa "Bữa tiệc ly" từng là nhà bếp hoặc phòng ăn dành cho những người làm việc tại tu viện St. Mary of Grace. Căn phòng này giáp với một ngọn đồi đá. Leonardo da Vinci đã làm thế nào để biến bức tường đá thành “khung tranh” để vẽ "Bữa tiệc ly"?
Đầu tiên, ông phủ lên mặt đá một lớp thạch cao, rồi phủ thêm lớp thứ hai cho đến khi tạo được bề mặt thật nhẵn. Sau đó, ông sử dụng một loại sơn gốc chì màu trắng để mô tả ánh sáng chiếu qua các ô cửa sổ trong bức tranh. Phần còn lại của bề mặt phẳng và nhẵn này được phủ bằng màu acrylic. Tiếc là hỗn hợp màu acrylic đặc biệt của Leonardo da Vinci đã không chịu được sự tàn phá của thời gian.
Ở thế kỷ thứ nhất, người ta thường nằm dài, chống cằm lên tay trái và ăn bằng tay phải. Nhưng vì không biết điều đó nên Da Vinci đã phác họa một cái bàn. Có 13 người ngồi quanh bàn. Chúa Giê-su ngồi chính giữa, sáu tông đồ ngồi bên trái và sáu tông đồ ngồi bên phải của Ngài. Các tông đồ được xếp thành từng nhóm ba người, hai nhóm bên tay trái và hai nhóm bên phải của Chúa Jesus.
Nhân vật đầu tiên Leonardo da Vinci chọn vẽ là Chúa Jesus, và ông cần tìm một người ở thành phố Milan để làm mẫu cho ông vẽ khuôn mặt của Chúa. Vị danh họa không hề hời hợt trong chuyện này. Ông đến các tu viện và nhà thờ, quan sát mọi người đến tham dự thánh lễ và ra về. Ông cần tìm một khuôn mặt nhân hậu, toát lên vẻ thánh thiện. Cuối cùng ông cũng chọn được một người. Ông tiếp cận một chàng trai trẻ và giải thích mình đang tìm người mẫu để làm gương mặt trung tâm cho tác phẩm của ông. Người này đồng ý. Thế là quá trình vẽ bức họa "Bữa tiệc ly" được bắt đầu.
Người làm mẫu cho khuôn mặt của Chúa Jesus được hộ tống vào một căn phòng rất nhỏ. Bức tường vẫn chưa có hình vẽ nào trên đó. Khi việc làm mẫu đã hoàn tất và người này rời đi, anh không thấy gì trên tường ngoài hình của Chúa Jesus vừa được vẽ. Phần còn lại của bức tường vẫn trống trơn.
Từ những ghi chú và bản phác thảo của Da Vinci, chúng ta biết bức vẽ "Bữa tiệc ly" ghi lại khoảnh khắc Chúa Jesus nói: “Một người trong số anh em sẽ phản bội thầy”. Gương mặt của mười hai tông đồ thể hiện rõ sự ngạc nhiên và bất ngờ về chuyện có người trong số họ sẽ phản bội Thầy.
Sau khi vẽ xong hình ảnh của Chúa Jesus, Da Vinci dành ba năm tiếp theo để vẽ tiếp mười một tông đồ. Mỗi người đều có khuôn mặt, dáng người khác nhau và ngồi trong một tư thế đặc biệt. Họ đều đang hỏi nhau: “Ai trong chúng ta sẽ phản bội Thầy?”.
Đến cuối năm thứ ba, bức họa đã gần hoàn tất, chỉ còn thiếu gương mặt và hình dáng của Judas. Da Vinci muốn tìm khuôn mặt độc ác nhất trong thành Milan để làm mẫu vẽ mặt Judas. Lần này ông không đến nhà thờ hay tu viện, mà đến những nơi nguy hiểm nhất trong thành nhằm tìm kiếm gương mặt xấu xa nhất mà ông từng thấy. Ông đến các nhà tù và trại giam, tìm những tên tội phạm suy đồi nhất của thành phố.
Cuối cùng Da Vinci đã tìm được người ông muốn. Đó là một tên tội phạm từng ngồi tù, một kẻ sống trụy lạc.
“Tôi muốn anh làm mẫu cho tôi vẽ. Tôi sắp hoàn thành bức tranh lớn ở tu viện St. Mary of Grace. Chỉ cần có thêm một nhân vật nữa là bức tranh của tôi sẽ hoàn thiện.”
Hắn đồng ý. Sau đó hắn đi theo Da Vinci vào tu viện và bước vào một phòng ăn nhỏ. Hắn sững người trong giây lát. Hắn nhận ra mình từng đến căn phòng này. Đó là ba năm trước, khi bức họa trên tường chưa có gì ngoài khuôn mặt từ bi nhân ái của Chúa Giê-su. Giờ hắn đã thấy bức tranh sắp hoàn thành, chỉ thiếu khuôn mặt của một người đàn ông.
Hắn nhìn vào phần thân người đã được vẽ xong. Bàn tay của người đó đang nắm chặt một chiếc túi chứa ba mươi đồng bạc, thứ vốn thuộc về kẻ phản bội Chúa Jesus. Ngoài ra trên bàn còn có một dĩa muối nhỏ bị lật úp. Da Vinci biết trong văn hóa thời đó, đổ muối là dấu hiệu cho thấy người đầy tớ sẽ phản bội chủ nhân của mình.
Đột nhiên người đàn ông ôm đầu và hét lên. Những người có mặt trong phòng, bao gồm Da Vinci, đều giật mình. Người đàn ông chỉ tay vào hình ảnh của Chúa Giê-su trên tường.
“Ba năm trước, tôi đã bước vào căn phòng này với ông và ông yêu cầu tôi làm mẫu để vẽ gương mặt của Chúa Jesus. Bây giờ, sau ba năm, ông lại yêu cầu tôi làm mẫu cho ông vẽ khuôn mặt của Judas!”
Đó là bí ẩn trong bức họa "Bữa tiệc ly" của Da Vinci. Một người đàn ông có gương mặt thánh thiện đã chìm trong trụy lạc và bệ rạc đến nỗi chính sắc mặt cũng như làn da nhăn dúm của hắn đã tố cáo tội ác trong trái tim hắn.
Chính Napoleon đã chiêm nghiệm ra từ quan sát của mình rằng khi người ta già đi, những gì họ từng trải qua sẽ ghi dấu trên khuôn mặt họ. Tuy nhiên, người đàn ông trong câu chuyện này không cần mất cả đời mà chỉ mất ba năm. Khuôn mặt thánh thiện trong sáng của hắn giờ đây in dấu mọi sự trụy lạc của thành Milan. Thật không dễ dàng gì cho một người lún sâu vào cái ác đến nỗi gương mặt của anh ta - gương mặt từng thể hiện lòng nhân ái của Chúa - giờ đã trở thành gương mặt của phản đồ Judas.
Có thể chúng ta sẽ không bao giờ quên tiếng hét thảng thốt của gã tội phạm ấy, cũng như việc một người có thể thay đổi hoàn toàn trong ba năm ngắn ngủi chỉ qua cách sống của mình.
Khi Leonardo da Vinci qua đời vào năm 1517, bức tranh sơn dầu này đã bị nứt và bong tróc. Chưa đầy 50 năm sau, bức họa Bữa Tiệc Ly đã bị hư hại nặng. Tuy nhiên, một số mảng bong tróc đó đã được giữ lại. Người ta đã nhiều lần phục chế bức tranh nhưng đều thất bại. Sau đó, vào năm 1980, một ủy ban mới được thành lập để phục chế toàn bộ bức tranh. Bằng cách nghiên cứu cẩn thận căn phòng, bức tường, các mảng bong tróc, cũng như dùng tia X và nhiều phương pháp khoa học khác, họ có thể thấy được những màu được sử dụng trong bức tranh gốc. Khoa học đã đưa kiệt tác của Da Vinci về lại với chúng ta, cùng với những bí mật của độ sáng tối, màu sắc và hiện trạng ban đầu của tác phẩm.
Quá trình phục chế bức tranh này kéo dài 20 năm, và bức tranh được giới thiệu đến công chúng vào năm 1999. Loại sơn mới được chọn nhờ vào độ bền của nó. Căn phòng chứa bức tranh được cách nhiệt và được trang bị máy hút ẩm hoạt động ngày đêm. Không quá 20 người được ở trong căn phòng nhỏ này cùng lúc, và dù có ít hay nhiều người thì ở trong phòng luôn có các thiết bị rất nhạy để đo nhiệt độ và độ ẩm. Nhiệt độ trong phòng được giữ cố định ở mức hai 21 độ C.
Bức tranh ngày nay là bản sao chính xác của tác phẩm gốc mà Da Vinci đã vẽ. Những nét mặt thảng thốt hỏi nhau cùng một câu duy nhất: “Ai sẽ phản bội Thầy?”, và túi bạc hiển nhiên nằm trong tay Giu-đa. Một số người nói rằng họ thấy khuôn mặt của Chúa Jesus và Judas có nét tương đồng, trong khi số khác không nhận ra điều đó. Không như bản gốc vốn chỉ tồn tại được vài năm, bức họa sau phục chế này có thể tồn tại đến hàng trăm năm.