Theo nghiên cứu của Cục Hàng hải Việt Nam, về lâu dài, cảng Vân Phong tại huyện Vạn Ninh sẽ được quy hoạch phát triển theo định hướng tiếp nhận tàu có trọng tải trên 15.000 TEU, để có thể trở thành một trung tâm trung chuyển container quốc tế.
Giai đoạn đầu, để phù hợp với điều kiện hiện có, cảng Vân Phong sẽ được quy hoạch phát triển như một khu cảng tổng hợp đa năng nhằm đáp ứng nhu cầu xuất, nhập khẩu hàng hóa cho Khu kinh tế Vân Phong, một phần tỉnh Khánh Hòa và khu vực Tây Nguyên.
Cảng Vân Phong cũng thay thế một phần chức năng của cảng Nha Trang khi cảng này chuyển đổi thành cảng tiếp nhận tàu du lịch.
Ông Hoàng Đình Phi - Phó Trưởng ban quản lý Khu kinh tế Vân Phong, tỉnh Khánh Hòa cho biết, giai đoạn khởi động cuối năm 2009, cảng trung chuyển quốc tế Vân Phong do Tổng Công ty Hàng hải Việt Nam triển khai, nhưng hiện nay đã dừng. Tỉnh Khánh Hòa đang tìm kiếm các nhà đầu tư khác xây dựng cảng Vân Phong./.
