Theo Tổng cục Thuế, số lượng doanh nghiệp thuộc diện thanh tra giá chuyển nhượng tăng mạnh trong năm 2013 lên mức 2.110 doanh nghiệp, cao hơn hẳn con số 1.268 doanh nghiệp của năm trước đó.
Từ công tác thanh tra chuyển giá, ngành thuế đã truy thu, truy hoàn, phạt là 988,1 tỷ đồng, bằng 132,3% so với năm 2012. Qua đó, giảm khấu trừ được 136,95 tỷ đồng, giảm lỗ 4.192,86 tỷ đồng. Số tiền truy thu tập trung ở khu vực doanh nghiệp đầu tư nước ngoài, chiếm 40% tổng số thu, tỷ lệ số thu bình quân trên một doanh nghiệp đầu tư nước ngoài cũng tương đối cao, ở mức 1,73 tỷ đồng/doanh nghiệp.
Các Cục thuế được đánh giá cao về công tác thanh tra, kiểm tra chống chuyển giá là Cục Thuế Hà Nội, Cục Thuế TP HCM, Cục Thuế Đồng Nai, Cục Thuế Hải Phòng và Cục Thuế Lâm Đồng. Trong đó, Cục Thuế Hà Nội là đơn vị có số doanh nghiệp được thanh tra giá chuyển nhượng ở mức cao nhất với 332 doanh nghiệp được thanh tra. Trong đó, 326 doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm. Tổng số tiền truy thu, phạt và truy hoàn gần 498 tỷ đồng. Cục Thuế TP HCM là đơn vị có số doanh nghiệp được thanh tra giá chuyển nhượng ở mức cao thứ hai. Tổng cộng có 314 doanh nghiệp đã được thanh tra, trong đó 202 doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm. Tổng số tiền truy thu, phạt và truy hoàn đạt hơn 181 tỷ đồng.
Đáng chú ý, Quý IV năm 2013, Tổng cục Thuế đã thành lập 3 Đoàn thanh tra trực tiếp thanh tra tại 3 doanh nghiệp thuộc Bình Dương và Đồng Nai, đồng thời, hỗ trợ 17 Cục Thuế địa phương thanh tra 44 doanh nghiệp. Đến thời điểm hiện tại, đơn vị này đã có kết quả tại 12 doanh nghiệp, số tiền điều chỉnh tăng doanh thu/giảm chi phí là 3.597 tỷ đồng.
Kết quả này dẫn đến việc các điều chỉnh bù đắp số lỗ phát sinh trước giai đoạn thanh tra giá chuyển nhượng được chuyển vào giai đoạn thanh tra giá chuyển nhượng là 232 tỷ đồng. Đồng thời, điều chỉnh giảm số lỗ phát sinh theo kê khai của DN trong giai đoạn thanh tra giá chuyển nhượng là 476 tỷ đồng. Từ kết quả đó, số tiền truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp là 187 tỷ đồng, phạt vi phạm hành chính số tiền là 12 tỷ đồng.
Kết quả thanh tra chuyển giá thời gian qua đã có tác động cảnh báo tích cực đến doanh nghiệp. Theo đó, một số doanh nghiệp có hoạt động giao dịch liên kết đã tự điều chỉnh kê khai giảm lỗ, một số doanh nghiệp kê khai có lãi nộp ngân sách nhà nước.
Tuy nhiên, cơ quan thuế cũng thừa nhận là công tác quản lý thuế đối với hoạt động chuyển giá vẫn đang gặp một số vướng mắc cơ bản. Quản lý chuyển giá là lĩnh vực khó, đòi hỏi người thực hiện ngoài việc nắm vững nghiệp vụ chuyên môn, còn cần kỹ năng và quyền lực để thực thi nhiệm vụ. Đến nay ngành Thuế chưa được trao quyền điều tra, hầu hết công chức thuế là công tác thanh tra hoạt động chuyển giá chưa được trang bị kiến thức chuyên sâu về kỹ năng thanh tra giá chuyển nhượng nên rất khó thực hiện quản lý hoạt động chuyển giá có hiệu quả cao.
