Bộ Tài chính cũng đang rất khó khăn trong điều hành giá xăng dầu hiện nay. Phương án giảm thuế không được ưu tiên tính toán vì điều kiện nguồn thu ngân sách đang gặp khó khăn. Ngoài ra, việc tăng giá xăng dầu thời điểm này sẽ ảnh hưởng rất lớn đến mục tiêu kiềm chế lạm phát đặt ra cho năm 2013.
Theo ông Nguyễn Anh Tuấn, Cục phó Cục Quản lý giá (Bộ Tài chính), các phương án điều hành giá phải cân nhắc rất nhiều yếu tố. Trong khi đó, nếu điều hành giá quán triệt theo các quy định tại Nghị định 84, các phương án sẽ được cân nhắc dễ dàng hơn. Ngoài ra, công tác điều hành giá xăng dầu lại đang chờ đợi Nghị định sửa đổi Nghị định 84.
Đến thời điểm này, nhiều doanh nghiệp đầu mối phải giảm mức hoa hồng chi cho đại lý xuống còn trên dưới 200 đồng/lít, trong khi chi phí định mức trong cách tính giá xăng dầu cơ sở là 600 đồng/lít./.