Các trường đại học này bao gồm: Đại học Huế, Học viện Nông nghiệp Việt Nam, Đại học Vinh, Đại học Luật thành phố Hồ Chí Minh, Đại học Kinh tế thành phố Hồ Chí Minh trong việc tổ chức và thực hiện Nghị định số 43/2006 ngày 25/4/2006 của Chính phủ quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập.
Kết luận của Thanh tra Chính phủ chỉ ra những ưu điểm: Bộ Giáo dục và Đào tạo đã quan tâm tổ chức, chỉ đạo triển khai thực hiện Nghị định 43, chủ động phối hợp với các bộ, ngành triển khai thực hiện nhiệm vụ theo thẩm quyền. 5 đơn vị sự nghiệp đã cơ bản đạt được mục tiêu chung mà Nghị định 43 đề ra. Công tác quản lý, thực hiện dự án đầu tư xây dựng cơ sở vật chất của 5 đơn vị được triển khai đảm bảo các quy định về quản lý đầu tư xây dựng.
Tuy nhiên, quá trình thanh tra cũng chỉ ra nhiều thiếu sót. Cụ thể, Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành quyết định giao quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm đối với các đơn vị sự nghiệp trực thuộc rất chậm, nhất là việc ban hành hệ thống định mức kinh tế, kỹ thuật, tiêu chí, tiêu chuẩn chất lượng, nhưng không được phát hiện và chấn chỉnh kịp thời.
Trong hoạt động tuyển sinh, các trường cũng có nhiều sai phạm từ tuyển sinh hệ chính quy đến đào tạo từ xa, từ bậc đại học đến sau đại học. Ví dụ như: Với tuyển sinh, đào tạo sau đại học, một số học viên của Đại học Huế, Đại học Luật Thành phố Hồ Chí Minh trúng tuyển chưa đảm bảo điều kiện ngoại ngữ, kinh nghiệm công tác theo quy định. Với tuyển sinh đại học, một số trường tuyển sinh vượt chỉ tiêu, thậm chí Đại học Nông lâm thuộc Đại học Huế không được giao chỉ tiêu nhưng vẫn tuyển sinh từ liên thông cao đẳng lên đại học chính quy năm 2011 với 110 sinh viên...
Bên cạnh đó, Thanh tra Chính phủ phát hiện các đơn vị chưa nộp thuế với số tiền là hơn 2 tỷ đồng, trong đó Đại học Huế là hơn 600 triệu, Học viện Nông nghiệp gần 1,4 tỷ đồng…Thanh tra Chính phủ cũng xử lý sai phạm trong đầu tư, xây dựng với số tiền gần 7 tỷ đồng. Cụ thể, Trường Đại học Kinh tế Thành phố Hồ Chí Minh giảm trừ giá trúng thầu là gần 1,6 tỷ đồng. Trường Đại học Luật Thành phố Hồ Chí Minh giảm trừ giá trúng thầu là hơn 647 triệu đồng.
Đại học Huế thu hồi số tiền hơn 700 triệu về tài khoản tạm giữ của Thanh tra Chính phủ. Trường Đại học Y–Dược (Đại học Huế) giảm trừ giá trị quyết toán số tiền hơn 485 triệu đồng. Học viện Nông nghiệp Việt Nam giảm trừ giá trị quyết toán số tiền hơn 1,5 tỷ đồng. Trường Đại học Vinh giảm trừ giá trị khi thanh toán số tiền hơn 1 tỷ đồng. Thanh tra Chính phủ cũng yêu cầu các chủ đầu tư dự án tổ chức rà soát lại hồ sơ các gói thầu chưa được kiểm tra, kiểm toán.
Trước những sai phạm này, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Bộ Giáo dục và Đào tạo tăng cường công tác quản lý, sớm xây dựng và ban hành tiêu chuẩn, định mức chi, định mức kinh tế - kỹ thuật. Trước mắt quy định rõ nội dung chi, mức chi tối thiểu cho hoạt động chuyên môn, nghiệp vụ phục vụ đào tạo với từng loại hình, khắc phục tình trạng dạy chay, dạy lí thuyết, xa rời thực tiễn…Đồng thời, kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo các bộ, ngành liên quan chủ trì, phối hợp với Bộ Giáo dục và Đào tạo để kịp thời chấn chỉnh, xử lý các sai phạm và triển khai tốt hơn Nghị định 43./.