Mục tiêu của Đề án nhằm xây dựng bộ máy chính quyền địa phương trong sạch, có đủ năng lực, sử dụng đúng quyền lực và từng bước hiện đại hóa để quản lý có hiệu lực và hiệu quả công việc của chính quyền.
Từ kết quả nghiên cứu của Đề án, xác lập căn cứ lý luận và thực tiễn để hoàn thiện pháp luật liên quan đến tổ chức hợp lý chính quyền địa phương nói chung, phân biệt mô hình tổ chức, cơ chế hoạt động của chính quyền đô thị và chính quyền nông thôn nói riêng theo tinh thần đổi mới được xác định trong Văn kiện Đại hội X và XI của Đảng.
Phát biểu tại phiên họp, Phó Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc nêu rõ: Cùng với đà tăng trưởng kinh tế- xã hội quá trình đô thị hóa đã diễn ra nhanh chóng, tạo sự khác biệt về kinh tế, văn hóa, xã hội, lối sống giữa đô thị và nông thôn.
Bên cạnh đó, trước yêu cầu của thực tiễn cuộc sống đặt ra vấn đề xây dựng chính quyền đô thị nhằm nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý của mỗi cấp chính quyền.
Phó Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc nhấn mạnh, trong bối cảnh Hiến pháp năm 1992 đang được nghiên cứu sửa đổi, việc xây dựng và thực hiện Đề án thí điểm mô hình tổ chức chính quyền đô thị còn là cơ sở cho việc đề xuất, sửa đổi, bổ sung các quy định trong Hiến pháp về chính quyền địa phương.
Theo Dự thảo của Đề án thí điểm, có hai phương án tổ chức chính quyền đô thị. Thứ nhất là xây dựng mô hình tổ chức chính quyền đô thị theo ba cấp hành chính như hiện nay, xác định rõ mô hình tổ chức, cơ chế hoạt động mới đối với chính quyền đô thị theo hướng phân biệt với chính quyền nông thôn.
Thứ hai là cải cách mạnh chính quyền địa phương, xây dựng mô hình chính quyền đô thị theo mô hình mới là chính quyền một cấp đại diện, hai cấp hành chính./.