Tại AFC Cup 2021, bóng đá Việt Nam có 2 đại diện là Hà Nội FC và Sài Gòn FC. Hà Nội FC cùng bảng với Bali United, Boeung Ket, Chanthabouly/Kasuka, trong khi Sài Gòn FC cùng bảng Kedah Darul Aman, Lion City Sailors và Persipura Jayapura.
Giải đấu được chia làm 5 khu vực: Tây Á, Đông Á, Trung Á, Nam Á và Đông Nam Á. Vòng bảng ở tất cả các khu vực đều đã kết thúc trừ Đông Nam Á và Nam Á khi AFC chưa xác định được nước đăng cai các bảng đấu theo hình thức tập trung.
Nhiều CLB trong khu vực Đông Nam Á lúc này mong muốn các bảng đấu trong khu vực sẽ được hủy để các đội bóng có thể tập trung tối đa cho các giải đấu trong nước cũng như các trận đấu sắp tới của các ĐTQG.
Dù vậy, AFC vẫn quyết tâm tổ chức 3 bảng đấu của AFC Cup 2021 khu vực Đông Nam Á. Tổ chức bóng đá hàng đầu châu lục còn đưa ra lịch thi đấu dự kiến của vòng knockout vào các ngày 10, 11 và 25/8. Như vậy, 3 bảng đấu của AFC Cup 2021 khu vực Đông Nam Á sẽ phải kết thúc trước thời điểm nói trên để xác định các đại diện thi đấu vòng knockout.
Đây là thách thức cực lớn với Hà Nội FC và Sài Gòn FC khi BTC V-League đã hướng đến phương án tổ chức giai đoạn còn lại của V-League 2021 theo hình thức tập trung trong tháng 8. AFC đang quyết tâm tổ chức thành công AFC Cup 2021 do giải đấu năm 2020 đã bị hủy bỏ và quyền lợi của các nhà tài trợ đã bị ảnh hưởng nghiêm trọng. Tuy nhiên, AFC vẫn để ngỏ khả năng 3 bảng đấu của AFC Cup 2021 khu vực Đông Nam Á bị hủy và nếu điều này xảy ra, AFC coi đó là trường hợp bất khả kháng.
Việc chồng chéo lịch thi đấu cũng khiến ĐT Việt Nam gặp nhiều khó khăn trong quá trình chuẩn bị cho trận đấu đầu tiên của vòng loại thứ 3 World Cup 2022 vào ngày 2/9 tới./.