Ban Chỉ đạo quốc gia có 3 Ban Chỉ đạo liên ngành: Ban Chỉ đạo liên ngành hội nhập quốc tế về chính trị, an ninh, quốc phòng do Phó Thủ tướng Phạm Bình Minh làm Trưởng ban; Ban Chỉ đạo liên ngành hội nhập quốc tế về kinh tế do Phó Thủ tướng Vũ Văn Ninh làm Trưởng ban; Ban Chỉ đạo liên ngành hội nhập quốc tế về văn hóa, xã hội, khoa học, công nghệ và giáo dục, đào tạo do Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam làm Trưởng ban.
Quyết định nêu rõ trong trường hợp Thủ tướng Chính phủ - Trưởng Ban Chỉ đạo quốc gia bận chương trình công tác, Phó Thủ tướng Chính phủ - Trưởng Ban Chỉ đạo liên ngành hội nhập quốc tế về chính trị, an ninh, quốc phòng sẽ thay mặt Thủ tướng Chính phủ - Trưởng Ban Chỉ đạo quốc gia điều hành công việc chung của Ban Chỉ đạo quốc gia.
Ban chỉ đạo quốc gia có 4 Ủy viên thường trực gồm: Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ; Bộ trưởng Bộ Ngoại giao; Bộ trưởng Bộ Công Thương; Bộ trưởng Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội.
Ban chỉ đạo quốc gia cũng có 8 Ủy viên là lãnh đạo các Bộ: Quốc phòng; Công an; Kế hoạch và Đầu tư; Tài chính; Tư pháp; Khoa học và Công nghệ; Giáo dục và Đào tạo; Văn hóa, Thể thao và Du lịch.
Ban Chỉ đạo quốc gia về hội nhập quốc tế có nhiệm vụ giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ đề ra các định hướng, chiến lược, các giải pháp lớn liên quan đến hội nhập quốc tế; đề xuất những nhiệm vụ trọng tâm, trọng điểm về hội nhập quốc tế cần tập trung chỉ đạo, điều hành trong từng giai đoạn.
Đồng thời, Ban Chỉ đạo quốc gia giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, triển khai các chủ trương, chính sách lớn về hội nhập quốc tế; giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành liên quan đến hội nhập quốc tế; giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ phối hợp, đôn đốc các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ, UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, trong việc triển khai đồng bộ các chủ trương, chính sách về hội nhập quốc tế.
Ban Chỉ đạo quốc gia cũng có nhiệm vụ tổng hợp và định kỳ báo cáo Bộ Chính trị, Ban Bí thư, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ tình hình triển khai các nhiệm vụ hội nhập quốc tế; thực hiện các nhiệm vụ khác do Thủ tướng Chính phủ phân công./.