Theo Quyết định Ban chỉ đạo Quốc gia Kỳ thi Olympic Hóa học Quốc tế lần thứ 46 do Bộ trưởng Bộ GD-ĐT là trưởng ban, Thứ trưởng Bộ GD-ĐT là Phó trưởng ban Thường trực.
Bộ GD-ĐT có nhiệm vụ chủ trì, phối hợp với Hội Hóa học Việt Nam và các Bộ, ngành, cơ quan, đơn vị liên quan xây dựng kế hoạch tổ chức Olympic Hóa học Quốc tế lần thứ 46./.