Nguyên nhân chủ yếu dẫn đến tình trạng này là do ô nhiễm chất thải từ đầu nguồn đổ về; bên cạnh đó là các làng nghề xả trực tiếp nước thải ra sông. Theo Trung tâm Quan trắc phân tích tài nguyên môi trường - Sở Tài Nguyên và Môi trường Hà Nam, trong nước sông Nhuệ và sông Đáy phát hiện nhiều thành phần gây ô nhiễm.
Ông Lê Văn Hưng, Giám đốc Trung tâm Quan trắc phân tích tài nguyên môi trường Hà Nam khuyến cáo các địa phương ven sông cần có biện pháp bảo vệ môi trường nước sông, nhằm hạn chế thiệt hại về nguồn lợi thủy sản. Tuy nhiên, đây cũng chỉ là giải pháp tạm thời và chỉ mình tỉnh Hà Nam không thể giải quyết được triệt để vấn đề ô nhiễm bởi hệ thống sông liên quan đến nhiều địa phương.
Ông Lê Văn Hưng nói: “Năm nào chúng tôi cũng có kiến nghị lên Bộ Tài nguyên và Môi trường và Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội có những giải pháp làm sao để triển khai dự án tổng thể sông Nhuệ, sông Đáy, thực hiện các công trình giúp giảm thiểu ô nhiễm từ đầu nguồn. Tuy nhiên, hiện nay hầu như các công trình xử lý ô nhiễm từ đầu nguồn còn rất hạn chế. Muốn xử lý triệt để ô nhiễm thì phải có sự phối hợp cả từ phía ở đầu nguồn. Một mình chúng tôi thì không thể có biện pháp gì để thực hiện được. Nếu không được thì tình trạng ô nhiễm thế này sẽ kéo dài”./.