Ngay sau khi xảy ra hiện tượng cá chết hàng loạttrên sông Nhuệ, khu vực từ cống Liên Mạc, Từ Liêm đến cầu Đen, thành phố Hà Đông, Trung tâm quan trắc và phân tích môi trường thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội đã lấy 12 mẫu nước dọc tuyến này để phân tích và bước đầu tìm ra nguyên nhân làm cho cá chết là do nước sông Nhuệ bị ô nhiễm.
Nguyên nhân gây ô nhiễm nước sông Nhuệ do sự phát triển của các khu dân cư, khu đô thị dẫn tới lưu lượng nước thải sinh hoạt ra lưu vực sông ngày càng lớn. Lượng nước thải này chỉ được xử lý sơ bộ qua hệ thống các bể phốt tại các hộ gia đình. Trên đoạn sông Nhuệ này đã và đang tiếp nhận nước thải công nghiệp của các cơ sở sản xuất công nghiệp, các làng nghề và các cụm công nghiệp với tổng lượng nước thải rất lớn hiện chưa xác định được. Nước sông bị ô nhiễm nặng nên rất nhiều cá chết là loài cá dọn bể có khả năng tồn tại vững trong môi trường ô nhiễm nhẹ...
Theo kết quả khảo sát thực tế thì nước thải thải ra từ khu dân sinh và từ các cơ sở công nghiệp như Xí nghiệp chế biến phân hữu cơ Cầu Diễn, Viện Hoá học Công nghiệp, Z157, Nhà máy in Quân đội, Viện Thiết kế vũ khí, Nhà máy sơn Hà Nội, Xưởng Năm… đều chưa qua xử lý đã thải trực tiếp ra sông Nhuệ./.