Theo Huyện ủy Chư Sê, trong thời gian giữ chức vụ Trưởng phòng Giáo dục và Đào tạo huyện Chư Sê, ông Bùi Sỹ Nguyên đã có những khuyết điểm, vi phạm như: Thực hiện không nghiêm túc nguyên tắc tập trung dân chủ; thiếu trách nhiệm trong thực hiện nhiệm vụ được giao, dùng công quỹ Nhà nước để sử dụng trái quy định; vi phạm quản lý đầu tư xây dựng cơ bản dẫn đến thất thoát tiền của Nhà nước.

Huyện ủy Chư Sê khẳng định, ông Bùi Sỹ Nguyên vi phạm những điều Đảng viên không được làm, ảnh hưởng đến uy tín tổ chức Đảng.

Trước đó, các cơ quan chức năng huyện Chư Sê phát hiện, trong thời gian ông Bùi Sỹ Nguyên giữ chức vụ Trưởng phòng GDĐT huyện Chư Sê đã để xảy ra sai phạm số tiền gần 340 triệu đồng. Trong đó, có việc làm chứng từ khống để thanh toán tiền khen thưởng, tiếp khách.

Ngoài ra, trong công tác luân chuyển, bổ nhiệm Hiệu phó, Hiệu trưởng hay mua sắm, sửa chữa các gói cơ sở vật chất... của ngành giáo dục Chư Sê thời ông Nguyên làm trưởng phòng cũng cũng có nhiều vi phạm./.