Trong khi đó, đây là nguồn nước chính dùng để sử dụng trong nông nghiệp, thủy sản và chăn nuôi... Ngoài ô nhiễm về chất hữu cơ thì các dòng sông này sẽ đối mặt với các thử thách lớn khác như hoạt động công nghiệp phát triển mạnh ở khu vực này như các khu công nghiệp, các nhà máy giấy, nhà máy nhiệt điện.
Các dự án này đã và đang cần một lượng nước khổng lồ để vận hành và phục vụ sản xuất. Trong khi đó, lượng nước ngày càng ít đi, nhu cầu sử dụng ngày một nhiều hơn, ô nhiễm ngày càng trầm trọng hơn đã và đang là một thách thức lớn đối với tài nguyên nước khu vực.
PGS-TS Lê Anh Tuấn, Phó viện trưởng Viện nghiên cứu biến đổi khí hậu, Trường Đại học Cần Thơ hiện khu vực ĐBSCL cũng như nhiều khu vực khác đang gặp nhiều khó khăn trong quản trị nguồn nước. Trong đó, vấn đề đầu tư lớn cho công nghiệp gây ô nhiễm đã và đang là thách thức cho các dòng sông.
Cùng với đó, việc thiếu cơ chế quản trị nguồn nước hữu hiệu; kinh phí cải thiện chất lượng nước sông ngòi thiếu nghiêm trọng và chưa rõ ràng, cụ thể cho chiến lược dài hạn kiểm soát ô nhiễm nguồn nước đã và đang đặt nhiều nguy cơ cho việc bảo vệ nguồn nước trên các dòng sông.
Riêng về sự lo lắng trong việc chồng chéo của nhiều bộ ngành cùng quản lý trên một dòng sông, PGS-TS Lê Anh Tuấn nêu rõ: Một con sông rất nhiều bộ ngành quản lý. Quản lý chung về nước sông thì do Bộ TN - MT. Còn lấy nước cho tưới tiêu thì lại là Bộ NN - PTNT. Còn lấy nước cho sinh hoạt thì lại là Bộ Xây dựng. Còn nếu trên sông xây dựng cảng hay bến thủy... thì lại là Bộ GT-VT.
Trên một dòng sông nhiều đơn vị quản lý như thế thì sẽ có nhiều văn bản chồng chéo. Như Bộ NN - PTNT làm quy hoạch phát triển nông nghiệp để lấy nước thì không xem xét quy hoạch tài nguyên nước của Bộ TNMT nên liên tục chồng chéo./.