Theo thông tin từ Tổng cục Môi trường (Bộ Tài nguyên và Môi trường) kết quả tính toán giá trị WQI (chỉ số quan trắc chất lượng nước) trên 5 lưu vực sông (LVS) khu vực phía Bắc đợt 4/2020 (tháng 5/2020) cho thấy chất lượng môi trường nước sông được cải thiện hơn so với cùng kỳ quan trắc năm 2019. Tuy nhiên có 15/185 điểm quan trắc bị ô nhiễm nặng (chiếm 8,1%), xác định tại các điểm nóng về ô nhiễm môi trường nước trên lưu vực sông Cầu (2 điểm), lưu vực sông Nhuệ - Đáy (13 điểm). Nguyên nhân, do tiếp nhận nước thải sinh hoạt của Tp. Hà Nội, Tp. Thái Nguyên, Tp. sông Công và nước thải làng nghề (tỉnh Bắc Ninh).
Đoạn sông Nhuệ chảy qua TP Hà Nội không có nhiều biến động so với cùng kỳ năm 2019, ô nhiễm cục bộ vẫn tiếp diễn từ điểm Phúc La tới điểm Cống Nhật Tựu (WQI: 10-25). Nguyên nhân, do tiếp nhận nước thải sinh hoạt cũng như nước thải làng nghề của TP. Hà Nội. Môi trường nước sông được cải thiện dần khi chảy qua địa phận tỉnh Hà Nam, tại đây, nước sông Nhuệ có thể sử dụng được cho mục đích giao thông thủy và các mục đích tương đương khác (WQI: 26-50).
Theo Tổng cục Môi trường trên sông Đáy, đoạn chảy qua Hà Nội và Hà Nam, phần lớn các điểm quan trắc ghi nhận môi trường nước sông ở mức kém (WQI: 26-50), nước sông chỉ có thể sử dụng được cho mục đích giao thông thủy và các mục đích tương đương khác.
Nước sông Đáy có xu hướng tốt dần về phía hạ lưu (đoạn qua địa phận tỉnh Ninh Bình), tại đây nước sông Đáy đã có thể sử dụng được cho mục đích nuôi trồng thủy sản, tưới tiêu và các mục đích tương đương khác (WQI: 71-81).
Theo các chuyên gia, việc sông Nhuệ chảy qua Hà Nội hiện vẫn ô nhiễm nặng là do tiếp nhận nước thải trực tiếp, chưa qua xử lý của các khu đô thị, khu dân cư, mật độ dân cư dày đặc và nước thải từ làng nghề, đặc biệt là nước thải hóa chất từ làng nghề,...đã khiến dòng sông này ngày càng ô nhiễm hơn./.