Vòng loại giải bóng đá lứa tuổi U19 quốc gia năm 2013 sẽ diễn ra từ ngày 15-30/1/2013 (lượt đi) và từ 21/2-6/3/2013 (lượt về). Vòng loại có sự tham gia của 23 đội bóng. Như vậy, số đội bóng tham dự Giải U19 năm nay tăng thêm 2 đội so với mùa giải trước.
23 đội bóng được chia làm 4 bảng A, B, C và D. Bảng A do CLB Sông Lam Nghệ An đăng cai tổ chức, gồm Sông Lam Nghệ An, CLB bóng đá Hà Nội, Than Quảng Ninh, T&T VSH, Vicem Hải Phòng.
Bảng B tổ chức tại Huế, gồm 6 đội là Huế, Hà Nội T&T, Nam Định, SHB Đà Nẵng, Thanh Hóa, Viettel. Bảng C do CLB Hoàng Anh Gia Lai đăng cai tổ chức, gồm 6 đội là Hoàng Anh Gia Lai, Bình Định, Đồng Nai, Khatoco Khánh Hòa, Tây Ninh, TDC Bình Dương.
Bảng D tổ chức tại TPHCM, gồm 6 đội là TP Hồ Chí Minh, An Giang, Đồng Tâm Long An, Kiên Giang, Tập đoàn cao su Đồng Tháp, Xổ số kiến thiết Cần Thơ.Theo Ban tổ chức, vòng chung kết sẽ diễn ra từ ngày 14 đến 23/3/2013. Địa điểm tổ chức sẽ được quyết định sau khi kết thúc vòng loại. Đội vô địch sẽ nhận cúp, huy chương vàng và tiền thưởng là 50 triệu đồng. Đội thứ nhì nhận huy chương bạc và tiền thưởng là 30 triệu đồng; 2 đội đồng giải Ba nhận huy chương đồng và tiền thưởng 20 triệu đồng/đội.
Ngoài ra, còn có phần thưởng cho đội đoạt giải phong cách, giải cầu thủ xuất sắc nhất vòng chung kết, giải cầu thủ ghi bàn thắng nhiều nhất và giải thủ môn xuất sắc nhất./.