Ngay sau khi kết thúc giai đoạn 1, Ban điều hành V-League 2020 đã ra thông báo về thời gian tổ chức các trận đấu ở giai đoạn 2 của giải. Theo đó, giai đoạn 2 của V-League 2020 sẽ bắt đầu từ ngày 9/10 và kết thúc vào đầu tháng 11.
Giai đoạn 2 của V-League 2020 được chia làm 2 nhóm: Nhóm A (8 đội đầu bảng giai đoạn 1) sẽ thi đấu trong 7 vòng để tranh chức vô địch, nhóm B (6 đội cuối bảng giai đoạn 1) sẽ thi đấu 5 vòng để tránh suất duy nhất xuống hạng.
Ngay trong vòng đấu đầu tiên của giai đoạn 2, người hâm mộ đã được chứng kiến trận cầu tâm điểm giữa Hà Nội FC và CLB TPHCM trên sân Hàng Đẫy vào lúc 19h15 ngày 10/10 trên sân Hàng Đẫy. Trước đó, trận đấu đầu tiên của giai đoạn 2 sẽ diễn ra ngày 9/10 giữa Viettel và HAGL.
Sau khi kết thúc giai đoạn 1 của V-League 2020, số điểm của các đội bóng đạt được sau 13 vòng sẽ được giữ nguyên. Số điểm các đội đạt được từ giai đoạn 2 sẽ được cộng dồn với số điểm đã có từ giai đoạn 1 để xếp hạng chung cuộc./.