Lớp sơn xe và các miếng decal AMG chạy dọc theo sườn xe từ bộ dàn áo xe đến bình nhiên liệu. Đây là điều mà chúng ta đang thường thấy trên phiên bản đặc biệt của thương hiệu MV Agusta.

Tông màu chính của lớp sơn là đỏ và trắng với những điểm nhấn màu xanh ở đầu xe, đuôi xe và khối động cơ. Ở phía trước, xe máy vẫn giữ lại thiết kế đèn pha kép (twin-pod). Tuy nhiên, hệ thống chiếu sáng đã được nâng cấp với sự bổ sung của 2 đèn phụ trợ lắp đặt ở hai bên của kính chắn gió Aftermarket (Aftermarket là các phụ tùng do các công ty ngoài sản xuất - không phải là nhà cung cấp chính hãng). Logo "R3" nằm ở chính giữa khá nổi bật ở phần đầu xe.

Bên cạnh các màu sắc tùy chỉnh, Yamaha YZF-R3 cũng nhận được đèn hậu, miếng chắn bảo vệ và hệ thống xả Aftermarket.

Ở 2 bên thân xe, YZF-R3 được trang trí với logo AMG kèm theo dòng chữ "Yamaha". Và các thiết bị bảo vệ Aftermarket và hệ thống ống xả Aftermarket nhỏ gọn hơn thay thế cho đơn vị trên phiên bản tiêu chuẩn.

Chiếc xe vẫn có nguyên thiết kế so với nguyên mẫu bao gồm tay lái dạng Clip-on. Tuy nhiên, chủ xe đã thay đổi trọng lượng thanh cầm và tay phanh được đổi sang loại Aftermarket .

Tiếp theo là bình chứa nhiên liệu và yên ngồi tách biệt vẫn tiếp tục xuất hiện trên phiên bản này. Nhưng yên xe dường như đã được tích hợp thêm đệm cho cả 2 chỗ ngồi giúp cho việc di chuyển quãng đường dài thoải mái hơn cho cả người lái và hành khách.

Ở phía sau, xe đã loại bỏ miếng kẹp biển số và đèn báo rẽ trên phiên bản gốc. Thay vào đó, một cặp đèn hậu LED Aftermarket chiếm  phần lớn diện tích ở đuôi xe.

Hệ thống phanh và hệ thống treo dường như vẫn được duy trì như bản gốc bao gồm: Phuộc lồng thông thường ở phía trước và phuộc đơn ở phía sau, bên cạnh đó là phanh đĩa trên cả 2 bánh.

Về tổng thể, phiên bản tùy chỉnh của Việt Nam giúp cho YZF-R3 có một diện mạo gọn gàng và hấp dẫn hơn rất nhiều.

Do hệ thống động cơ không được đề cập đến, nên có lẽ chiếc xe không có nâng cấp nào về cơ khí. Có lẽ chiếc xe vẫn sẽ có công suất 42 mã lực tại tốc độ vòng tua 10.750 vòng/phút và mô-men xoắn cực đại 29,6 Nm tại vòng tua 9.000 vòng/phút từ động cơ DOHC 2 xy-lanh thẳng hàng, dung tích 321 cc, làm mát bằng chất lỏng, phun xăng điện tử.

Ngoài ra, phiên bản Yamaha YZF-R3 2019 mới nhất hiện nay đã được công bố và phiên bản nâng cấp của nó sẽ đi kèm với đèn pha full-LED và cụm đồng hồ sửa đổi tương tự như YZF-R1. Còn các thiết kế của bộ dàn áo và kính chắn gió trên YZF-R3 2019 được truyền cảm hứng từ mẫu flagship của Yamaha tại MotoGP, YZR-M1./