Hệ thống ống xả của xe phân khối lớn là một trong những bộ phận mà rất được các tay lái đặc biệt quan tâm do nó thể hiện được cá tính của chủ sở hữu cũng như sở thích về tiếng động cơ của xe. Ở phiên bản Yamaha MT-09 2021 lần này, các kỹ sư đã nghiên cứu kỹ lưỡng về thiết kế ống xả bên dưới thay thế cho đơn vị ống xả bên sườn xe của thế hệ trước.
Ống xả được thiết kế lại trên MT-09 2021 phải tuân thủ các quy định khí thải Euro 5 nhưng vẫn đáp ứng tốt các nhu cầu của một số tay đua. Để làm được điều này, các kỹ sư của Yamaha đã tạo ra một buồng xả 3 trong 1 trong kiểu dáng ống xả đôi.
Điều này được kết hợp với khả năng giảm tiếng ồn của động cơ, đặc biệt là ở các bánh răng được gia công với dung sai nhỏ hơn. Theo Euro 5, tiếng ồn cũng được coi là một sự phát thải, và điều này đã giúp làm giảm tổng thể lượng tiếng ồn do MT-09 tạo ra.
Về khả năng hút gió, 3 ống hút gió cho phép CP3 899 cc hút không khí với lượng vừa đủ và tạo ra âm thanh khí dễ chịu trong khi vẫn tuân thủ quy định. Ba ống hút có chiều dài và đường kính khác nhau được lấy cảm hứng từ một cây đàn organ trong nhà thờ.
Ra mắt vào cuối tháng 10, Yamaha MT-09 2021 đã được làm lại toàn diện so với mẫu trước đó. Động cơ 3 xy-lanh thẳng hàng CP3 hiện có dung tích 899 cc với công suất 117,3 mã lực tại tốc độ vòng tua 10.000 vòng/phút và mô-men xoắn cực đại 93 Nm tại vòng tua 7.000 vòng/phút.
Trọng lượng được giảm từ 193 kg xuống còn 189 kg và bộ khung hoàn toàn mới nhẹ hơn 2,3 kg so với trước đây. Ngoài ra còn có một bảng điều khiển TFT-LCD màu, đèn LED chiếu sáng phía trước và phía sau cũng như phuộc trước có thể điều chỉnh.