Theo đó, thu 200.000 đồng/lần cấp đối với giấy phép cho phương tiện vận tải hành khách, hàng hoá thông thường đi lại nhiều lần, thời hạn tối đa 12 tháng.
Đối với giấy phép cho phương tiện vận tải hành khách, hàng hóa thông thường đi một chuyến, thời hạn tối đa 60 ngày: 100.000 đồng/lần cấp.
Đối với giấy phép cho phương tiện vận tải hàng hoá nguy hiểm, thời hạn tối đa 60 ngày: 150.000 đồng/lần cấp.
Lệ phí gia hạn giấy phép thu bằng 50% mức thu của các giấy phép tương ứng.
Đối với khoản lệ phí do Cục Đường thủy nội địa Việt Nam thu, 100% số lệ phí thu được vào ngân sách Nhà nước; kinh phí cho việc tổ chức thu lệ phí của Cục Đường thủy nội địa Việt Nam do ngân sách Nhà nước cấp và được tổng hợp vào dự toán ngân sách chi hàng năm của đơn vị.
Đối với khoản lệ phí do Sở Giao thông vận tải các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thu, Sở Giao thông vận tải được để lại 50% số lệ phí thu được để trang trải cho việc cấp giấy phép; 50% còn lại được nộp vào ngân sách Nhà nước.
Thông tư có hiệu lực từ 1/10/2013./.