Hệ sinh thái vùng biển huyện đảo Lý Sơn, tỉnh Quảng Ngãi là một trong 16 khu bảo tồn biển của Việt Nam. Trước đây, khu vực đảo có trên 700 loài động, thực vật với gần 300 loại rong biển, san hô… Tuy nhiên, theo kết quả nghiên cứu của Viện Kỹ thuật biển - Bộ Tài nguyên và Môi trường, một số loài quý hiếm, có giá trị cao cần được bảo vệ như san hô đen, hải sâm, tôm hùm… hầu như không còn; thảm thực vật dưới đáy biển Lý Sơn đã biến mất.
Nguyên nhân gây suy giảm đa dạng sinh học vùng biển quanh đảo Lý Sơn là do việc khai thác bằng thuốc nổ và tình trạng khai thác theo kiểu tận diệt của người dân. Ngoài ra, các nguồn chất thải, tác động của biến đổi khí hậu toàn cầu cũng là những nguyên nhân làm suy giảm nghiêm trọng hệ sinh thái tại vùng biển đảo này./.