Công Phượng góp mặt trong đội hình xuất phát của Yokohama FC trong trận gặp Okayama ở vòng 2 Cúp Quốc Gia Nhật Bản 2024, diễn ra lúc 17h00 chiều 24/4.
Đây là lần đầu tiên Công Phượng được đá chính tại Yokohama FC. Mùa trước, tiền đạo này không được đăng ký trận nào ở J-League 1 và chỉ ra sân 1 phút bù giờ ở J-League Cup.
Dù không được trọng dụng và Yokohama FC rớt hạng từ J-League 1 xuống J-League, nhưng Công Phượng vẫn quyết định ở lại đội bóng Nhật Bản thay vì trở về nước như đồn đoán.
Hồi tháng 3 vừa qua, Công Phượng đã được triệu tập trở lại ĐT Việt Nam để chuẩn bị cho 2 trận gặp ĐT Indonesia ở vòng loại World Cup 2026. Tuy nhiên, tiền đạo này bị tái phát chấn thương cổ chân và lặng lẽ chia tay ĐT Việt Nam.