Đây là cuộc thanh tra thực hiện theo sự chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng.
Theo đó, tại Văn bản số 6143/VPCP-ĐMDN ngày 12/8/2014 của Văn phòng Chính phủ gửi các đơn vị liên quan thông báo ý kiến của Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng giao Thanh tra Chính phủ thanh tra việc đầu tư các dự án nhiên liệu sinh học có vốn góp của Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (Petro Vietnam) và các đơn vị thành viên.