Theo Tổng cục Hải quan, lợi dụng hình thức khai báo thủ tục hải quan điện tử, xuất hiện một số doanh nghiệp sử dụng thủ đoạn tinh vi, giả mạo chứng từ hồ sơ hải quan bao gồm hợp đồng, giấy phép chuyên ngành, con dấu, chữ ký công chức hải quan… bằng cách chỉnh sửa (theo hình thức scan) các nội dung này trong quá trình chuyển đổi chứng từ, từ chứng từ giấy sang chứng từ điện tử.

Có trường hợp doanh nghiệp lấy vận đơn, invoice, packing list gốc đem photo che phần ghi hàng hóa thực sau đó dùng thủ đoạn bắn tên hàng không thuế vào và scan lại, đóng dấu sao y để nộp hồ sơ giấy cho hải quan có nội dung khớp với phần khai hải quan điện tử.

Ngoài ra, với chương trình thông quan điện tử hiện nay thì doanh nghiệp có thể biết trước thông tin phân luồng cho lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu của mình. Lợi dụng việc này, doanh nghiệp xuất khẩu khi nhận được thông tin phân luồng xanh có thể đưa những conts hàng hóa không đúng khai báo để xuất đi; doanh nghiệp nhập khẩu thì dùng thủ đoạn cố tình khai sai để trường hợp được phân luồng xanh thì hàng đi trót lọt, trường hợp bị vào luồng đỏ thì doanh nghiệp đối phó bằng cách khai nhầm, xin khai lại hoặc khai bổ sung cho phù hợp với chứng từ thật nếu không thì bỏ, hủy tờ khai đó, sau khai tờ khai khác... Trong các ngày 26/11/2012 và 19/12/2012, Cục Hải quan TP. Hồ Chí Minh đã phối hợp với Cục Điều tra chống buôn lậu và các đơn vị có liên quan kiểm tra, phát hiện, bắt giữ 02 vụ việc vi phạm của Cty TNHH TMDV Nam Đế và Cty TNHH TM Tôn Quyền có hành vi gian lận trong khai báo để nhập khẩu trên 4.000 sản phẩm hàng hóa là quần áo, túi xách, dây lưng, giầy, khăn, kính mắt,... toàn bộ số hàng trên có dấu hiệu vi phạm sở hữu trí tuệ. Hiện nay, cơ quan Hải quan đang phối hợp với cơ quan Công an mở rộng điều tra, xác minh, làm rõ.

Tại một số Chi cục Hải quan cửa khẩu quản lý khu vực cảng Hải Phòng, Quảng Ninh, Sài Gòn, Đồng Nai,... phát hiện các vụ việc vi phạm có đối tượng là doanh nghiệp gia công, sản xuất hàng xuất khẩu, lắp ráp; các doanh nghiệp làm dịch vụ chuyển khẩu, tạm nhập - tái xuất; doanh nghiệp thường xuyên đăng ký kiểm tra vào giờ cao điểm, thường xuyên hủy tờ khai xuất khẩu đã được phê duyệt kiểm tra, cá nhân có hoạt động nhập khẩu thường xuyên… Thủ đoạn phổ biến vẫn là lợi dụng bất cập trong chính sách, quy trình như lợi dụng hình thức ưu đãi miễn kiểm tra thực tế hàng hóa, lợi dụng hình thức chuyển cửa khẩu, tạm nhập - tái xuất, quá cảnh, khai báo sai về số lượng, tên hàng, mã số thuế, gian lận định mức nguyên phụ liệu,…

Mặt hàng trọng điểm gồm các loại hàng tiêu dùng (Rượu, bia, bánh kẹo, quần áo may sẵn…), ôtô các loại (bao gồm cũ và mới), xe gắn máy, phụ tùng ôtô và xe gắn máy, máy móc công trình (bao gồm cũ và mới), kim khí điện máy, thiết bị vệ sinh, linh kiện điện tử, hóa chất, thép, hàng điện tử cao cấp, hàng bách hóa có xuất xứ Trung Quốc, vật liệu xây dựng, gạch, kính xây dựng, phế liệu, chế phẩm từ gia súc, gia cầm, vàng, nữ trang, đá quí, tân dược, mỹ phẩm, ngoại tệ các loại, nguyên phụ liệu nhập khẩu gia công, sản xuất xuất khẩu, hóa chất, động vật hoang dã và sản phẩm từ động vật hoang dã,.../.