Biệt thự thuộc đối tượng quản lý của quy chế này được phân loại thành 3 nhóm, gồm nhóm 1 (70 - 100 điểm) là những biệt thự được xếp hạng di tích lịch sử văn hoá theo quy định của pháp luật về di sản văn hoá; biệt thự gắn liền với cách mạng - kháng chiến được cơ quan nhà nước có thẩm quyền xếp hạng; biệt thự có giá trị đặc biệt về kiến trúc (từ 30 - 35 điểm về giá trị kiến trúc nghệ thuật).
Nhóm 2 được đánh giá từ 50 - 69 điểm, là những biệt thự có giá trị về kiến trúc, nhưng không thuộc biệt thự nhóm 1. Nhóm 3 được đánh giá dưới 50 điểm, gồm những biệt thự không thuộc nhóm 1, nhóm 2.
Nhà biệt thự thuộc đối tượng quản lý của quy chế này được cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất, đặc biệt phải có ghi chú “Nhà biệt thự được quản lý, sử dụng theo quy chế quản lý, sử dụng nhà biệt thự cũ được xây dựng từ trước năm 1954”.
Theo quy định, tất cả các nhà biệt thự thuộc danh mục quản lý (bao gồm cả biệt thự thuộc sở hữu của nhà nước, của các tổ chức, của hộ gia đình, cá nhân) không được tự ý phá dỡ.
UBND thành phố Hà Nội giao UBND các quận Ba Đình, Hoàn Kiếm, Hai Bà Trưng, Đống Đa, Tây Hồ chịu trách nhiệm trước thành phố nếu để các tổ chức, cá nhân tự ý cải tạo, phá dỡ nhà biệt thự trên địa bàn khi chưa được cơ quan có thẩm quyền cho phép…/.