Sáng 6/7, Hội nghị Trung ương lần thứ 3 khóa XIII bước sang ngày làm việc thứ hai. Buổi sáng, Ban Chấp hành Trung ương Đảng làm việc tại Hội trường thảo luận về tình hình, kết quả thực hiện kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội, tài chính quốc gia, đầu tư công trung hạn 5 năm 2016 - 2020 và dự kiến kế hoạch 5 năm 2021 - 2025. Uỷ viên Bộ Chính trị, Thủ tướng Chính phủ Phạm Minh Chính thay mặt Bộ Chính trị điều hành thảo luận.
Buổi chiều, Ban Chấp hành Trung ương Đảng làm việc tại tổ, thảo luận dự thảo Quy chế làm việc của Ban Chấp hành Trung ương, Bộ Chính trị và Ban Bí thư khoá XIII; dự thảo Quy chế làm việc của Uỷ ban Kiểm tra Trung ương khoá XIII.
Sau đó, Ban Chấp hành Trung ương Đảng họp xem xét, thi hành kỷ luật cán bộ. Tổng Bí thư Nguyễn Phú Trọng thay mặt Bộ Chính trị chủ trì, điều hành chương trình Hội nghị.
Ban Chấp hành Trung ương Đảng đã thảo luận, kết luận, biểu quyết, quyết định thi hành kỷ luật ông Vũ Huy Hoàng, nguyên Uỷ viên Trung ương Đảng bằng hình thức khai trừ ra khỏi Đảng; thi hành kỷ luật ông Trần Văn Nam, Uỷ viên Trung ương Đảng, Bí thư Tỉnh uỷ, Trưởng Đoàn đại biểu Quốc hội khoá XIV tỉnh Bình Dương bằng hình thức cách chức tất cả các chức vụ trong Đảng nhiệm kỳ: 2010 - 2015, 2015 - 2020 và 2020 - 2025./.